Sul territorio nazionale, i Salesiani sono presenti in tutte le Regioni e sono organizzati con strutture e organismi autonomi e interdipendenti tra loro.

Sul territorio nazionale ci sono circa 200 Case salesiane (così le ha volute chiamare Don Bosco), raggruppate in 6 Ispettorie o Province religiose: 3 al Nord, 1 al Centro, e 2 al Sud. Per facilitare lo scambio e il confronto a livello nazionale le Ispettorie hanno dato vita alla CISI – Conferenza delle Ispettorie Salesiane d’Italia, che si raduna 4 volte l’anno e che promuove il coordinamento nazionale attraverso appositi Settori, Uffici e Collegamenti (al cui interno si trovano gli enti promossi dal CNOS).

Alcune Case salesiane, pur trovandosi in Italia, fanno capo alla Casa Generalizia dei Salesiani di Don Bosco: quelle che fanno riferimento all’Università Pontificia Salesiana di Roma, quella delle Catacombe di San Callisto e quella presente nello Stato Città del Vaticano.